Trehörna församling bildades år 1643 på initiativ av Trehörna Säteris dåvarande ägare Christoffer Ribbing. Han var också ägare till Ulsfnäs gård i Öggestorps socken, och ståthållare över Kronobergs län. Christoffer Ribbing lyckades samordna de närliggande gårdarnas ägare i de angränsande socknarna, Stora Åby, Säby och Linderås och ansökte hos Drottning Christinas förmyndarregering att få bilda Trehörna församling.
Motstånd möttes från i synnerhet Stora Åby församling och dess kyrkoherde. Även från ägaren till Mossebo borggård i Rinna socken, Johan Rosenhane stötte man på motstånd för han hade också planer på att få bilda församling och erhålla patronatsrätt. Så här redovisar han sitt beslut. ”Av den orsak kyrkan icke blev byggd vid Mossebo, inga hemman från Rinna socken lägges till Trehörna”. Prosten Eric Isberg, kyrkoherde i Trehörna 1763-1783 skriver. ”Av dessa Rinboar, som den tiden lydde under Mossebo är ingen som haver mer än en halv mil till Trehörna kyrka och således hava kortare väg än de flesta Trehörnabor. Församlingsbildning fick ske utan mark från Rinna socken, för övrigt tycks problemen blivit undanröjda. Christoffer Ribbing går alltså segrande ur konflikten och den 20 december 1643 undertecknas och utfärdas konfirmationsbrevet på Stockholms slott av Drottning Christinas förmyndarregering. Trehörna socken har bildats av 7 o 1/8 dels mantal från St Åby s:n , 4 o 3/8 dels mantal från Linderås s:n, 1 o ¼ mantal från Säby s:n, de båda sistnämnda Jönköpings län.
Christoffer Ribbing hade utlovat att donera mark och annan hjälp och tillsammans med de övriga nyblivna församlingsborna kunde arbetet med uppförandet av kyrkan påbörjas, platsen blev en liten äng öster om Trehörnasjön. Vid denna tid tillhörde även gårdarna Slangeryd, Hässlesund och Hallongen med torp och backstugor Trehörna Säteri.
Nu lite om ägareförhållande av Trehörna Säteri som rådde och som följde med församlingsbildningen. Christoffer Ribbing bodde troligen inte permanent på Trehörna Säteri. Arvid Ribbing , Christoffer Ribbings tredje och yngsta son, född 1620 Major vid Östgöta kavalleriregemente 27 år gammal kommer hem från Tyskland efter att ha deltagit i 30-åriga kriget. Då ser det enligt vissa uppgifter ut att vara Arvids broder Per som är ägare till Trehörna gård. Per Ribbing född 1615 var Överstelöjtnant vid Älfsborgs regemente då han 33 år gammal stupar i Tyskland ”under muren” vid belägringen av staden Weinsheim i Luneburg. Arvid Ribbing var vid hemkomsten från kriget ogift. Men efter tre år 1651 gifter han sig på Halmstad slott med dottern till generalen och ståthållaren över Halland, Casper Otto Sperling. Bruden är friherrinnan Anna Margareta Sperling 16 år gammal (ung). Det är troligt att det nygifta paret bosätter sig på Trehörna Säteri och är ägare till gården, troligen genom arv då brodern Per stupat i Tyskland 1648. Med ägandet följer också att de får patronatsrätt vilket innebär förmånen att kalla och föreslå präst i den församling där deras gård är belägen. (Denna rätt har sedan följt säteriets ägare till 1922 då denna rätt enligt regeringsbeslut upphörde). Tillsättning av präst gjordes och görs fortfarande av domkapitlet. Förutsättningen för att få patronatsrätt var att ägaren bidrog med mark eller på annat sätt visade omtanke om kyrkans verksamhet. Arvid Ribbing och Anna-Margareta Sperling bidrog på mycket förtjänstfullt sätt inte bara till kyrkans tillblivelse och prydnad. De skänkte också mark till och bidrog till uppförandet av boställe till klockare och skänkte gården Kolhult till Prästebol 1667. De tyckte att prästen hade för lång väg till kyrkan från Pukeryd, det fjärdings hemman som Sveriges förmyndarregering nådigast givit till ”prestebol” vid konfirmeringen av församlingsbildningen 1643.
Den siste husprästen hos herrskapet på Trehörna Säteri, Georgius Dahlhemius var ämnad som församlingens första kyrkoherde, men han avled innan tillsättandet. Den första ordinarie kyrkoherden var Johan Kernander 1652-1662.
Arbetet med kyrkbygget påbörjades 1643 och pågick till 1647 då den togs i bruk. Kyrkan invigdes en midsommardag men vilket år har inte jag kunnat finna i handlingar från den tiden, men i en tidningsartikel i Östgöta-Bladet 1943 med anledning av 400-års jubileet uppger kyrkoherde Samuel Bjurek att invigningen troligen skedde 1652. Kyrkan fick namnet S:t Johannis på grund av att invigningen skedde en midsommardag, då den förrättades i Biskopens ställe av Magister Langelio S.S. Theologie Lektore i Linköping.
Kyrkan höll i längd 40 alnar (ca 24 m.) med koret, och i bredd 14 alnar (ca 8,5 m.) .Vapenhus på södra långsidan och sakristia på norra långsidan. På västra gaveln ett torn med en hög smäcker spira som reste sig 18 alnar (ca 11 m.) över kyrktaket. (Enligt beräkningar en totalhöjd med torn c:a 36 alnar = c:a 22m.). Några år efter det kyrkan var färdig byggdes en klockstapel då tornbyggnaden ansågs vara för svag att bära kyrkklockorna. Kyrkans yttre var enligt dåtidens byggnadsteknik med spånklädda timmerväggar och med tjärat spåntak, och rödmålade väggar. Interiören beskrevs 1741 av kyrkoherde Andreas Kullander så här. ”Kyrkans största sirat är hennes målning som består uti lövverk och tapeter på väggarna samt åtskilliga figurer och änglabilder i taket med tillsatta bibliska språk ”. Det är troligt att en del av interiören förändrades vid renoveringen som företogs 1796. Under 150 år tycks den kyrkliga verksamheten fungerat bra och kyrkbyggnaderna klarat sig med normalt underhåll. År1795 kommer Magister Hans Olof Sundelis till Trehörna efter förordnande av domkapitlet som vice pastor på grund av Kyrkoherde Peter Eric Peterssons sjukdom. ”Därför har pastor Sundelius ensam alltid fått sköta ämbetet, vilket han värdigt och med berömlig omsorg så besörjt, att även till Guds namns ära och kristlig uppmuntran till andakt , Trehörna nära alldeles förfallna kyrka blivit förledet år prydligt reparerad och nytt fattighus uppbyggt utan kyrkokassans eller församlingens synnerliga kostnad”. (Enl.uppg. s. 65 i boken Hans Olof Sundelius av Erik Lönnerholm). 1796 gjordes alltså en genomgripande reparation. En redogörelse för denna reparation av kyrkan finns omskriven av kyrkoherde Andreas Erici Kullander, och åter- given i Major Sten Edströms berättelse om de båda kyrkorna i Trehörna i boken från Sommabyggd till Vätterstrand nr 4, 1950. ”Hela kyrkan målades utom taket tillika med predikostolen, läktaren samt altaret och sacristian”.Vid dennna omilda reparation ” upphöggs fenstergluggar över hela kyrkan till mer än dubbel storlek mot förut varibland tvenne runda på läktaren och ett på norra sidan i Sacristian” Av Drottning Hedvig Eleonora hade kyrkan fått ett altarskåp taget ur Vadstena klosterkyrkas överflödiga inventarier.Detta monterades ner till mindre delar och dessa och figurerna utplacerades på olika ställen i kyrkan.( Dessa altarskåpsdörrarna hänger nu på norra långsidan i den nuvarande kyrkan). Även omflyttningar av tavlor och övriga inventarier gjordes vid detta tillfälle.
Ett skåp som nu är placerat i kyrkans vapenhus har på vänstra dörrens insida följande inskription ”År 1796 reparerades Trehörna kyrka då hon helt och hållet ommålades taflor uppsattes nya och store fenster insattes. Predikstolen flyttades från södra sidan nya portar och fattigstock gjordes med mera. Arbetet besörgdes och företogs af Wise Pastorn Hans Olof Sundelius. Målningen gordes af Fredrik Åberg från St:Åby. Gud bevare kyrkan och hela församlingen”.
I Widegrens östgötabeskrivning står ”Öfwer södra kyrkdörren hänger en av åldren skadad men väl målad Tafla som föreställer Josua och Caleb återkommande från Canan sedan de bespejat landet och bärande på en stång emellan sig en ofantlig druvklase under vars tyngd de synes swigta” Denna restaurerades på 1960-talet och deponerades till Östergötlands länsmuseum och är placerad i Vadstena slott.
År 1834 skänkte den nya ägaren till Trehörna säteri, nämndemannen Magnus Jonsson och dess hustru en tavla med ljus ram som föreställer Frälsaren med törnekransen. Tavlan hängdes över herrgårdsbänken på karlsidan. Magnus Jonsson var den förste ofrälse ägaren till Trehörna säteri.
År 1843 synes vara sista gången som den gamla kyrkan målades och då har också hela taket blivit omlagt, tjugo år senare har den fått ge plats för en ny. Vad kan ha varit anledningen ,varför revs S:t. Johannes kyrka? Troligen är befolkningsökningen i mitten på 1800 talet det störst vägande skälet. Man behövde större utrymme. Folkmängden i socknen hade ökat från under 400 inv. på 1600 talet till omkring 1000 inv. på 1850 talet. Kyrkan besöktes också av boende på en del gårdar i angränsande församlingar, i synnerhet från Rinna socken. 
Om att bygga ny kyrka var nog delade meningar bland sockenmännen och allmänheten för man kan i sockenstämmoprotokollen från mitten av 1850-talet till stämmoprotokoll 16 juni 1861 se hur besluten har ändrats från beslut att reparera och bygga till den gamla , till att bygga helt ny. Inte förrän sockenbyggmästaren Carl Johan Fröjd enl. kontrakt påbörjat reparation och tillbyggnadsarbetet och ” koret jämte en del av Sacerstian blivit nedtagen, befunnos kyrkans väggar vara så buktiga och förfallna samt sammanflikade av smärre timmerstumpar, att Byggmästaren ansåg det vara alldeles omöjligt att skruva dem tillrätta med Pelastrar, ty om sådant försöktes skulle väggarna alldeles söndersplittras”. Sedan de talrikt närvarande sockenmännen skärskådat och hunnit fullkomligt övertyga sig att hennes reparation icke kunde verkställas på annat sätt än kommiterade föreslagit, beslöts enhälligt, att kyrkan till tids vinnande, genast skulle nedrivas till botten och åter uppbyggas”. (Protokoll vid Extra Sockenstämma 16 juni 1861 då byggnadskommittens beslut gillades och godkändes för övrigt till alla dess delar av de talrikt närvarande sockenmännen.) Arbetet med nedtagningen av den gamla och uppbyggande av den nya kyrkan påbörjades dagen efter av Byggmästaren Carl Johan Fröjd som åtagit sig detta arbete mot en summa av 2.300 Rdr. Rmt. samt så många sockendagsverken han kunde använda. Tiden medgav icke varken att anskaffa vederbörligen fastställd byggnadsritning eller kostnadsförlag icke heller att ingå till Kungl. Maj:t. med underdånig anhållan att få bygga kyrkan av träd. Herr Comisionslantmätaren A. M. Lindblad i Åby har på kyrkoherde S. C. Siegbahans föranstaltande uppgjort ritning liknande den för Linderås kyrka, vilken ritning utom i smärre delar blivit följd. Arbetet fortgick hela sommaren 1861. Under tiden förrättades allmänna gudstjänsterna ute på kyrkogården, den gamla altarringen uppställdes under ett brädtak……….Senare på hösten inreddes kyrkan fullkomligt, så att alltsammans med undantag endast av bänkdörrarnas uppsättning och målning var färdig till jul. Alla inventarier i den gamla kyrkan tycksha flyttats över till den nya med undantag av altarskåpet som tidigare delats och några figurer placerats på altaret, men då nuvarande altartavla anskaffades ställdes de undan. Nämnas bör att den Ribbingska brudkronan såldes till Statens Historiska Museum år1908 för 120 Rdr. Och några år efter sekelskiftet överlämnades till statens samlingar ett krucifix en biskopsbild och några figurer.År 1659 avtogs kyrktaket och kyrkan förhöjdes med 5 varv stockar , kyrkan måste från början varit väldigt låg, då höjningen måste varit 1,5 till 2 meter.
År 1652 donerade herrskapet Ribbing klockareboställe till klockarens försörjning. Även kyrkklocka skänktes och man får väl anta att den hängdes i kyrktornet, för i gamla noteringar står angivet att det 1659 uppfördes och spånades en klockstapel.
.
.
